Graphviz как установить

Русские Блоги

Установка Graphviz и вводное руководство под windows

Поскольку используется дерево решений глубокого обучения, необходимо интуитивно экспортировать файл .dot в виде графа. Итак, вам нужно использовать graphviz.

Адрес для перепечатки: http://blog.csdn.net/lanchunhui/article/details/49472949

Загрузите и установите переменные среды конфигурации

intall
Настроить переменные среды
проверка

graph
digraph
Сложный пример

Обнаружение хороших инструментов похоже на открытие нового мира. Иногда нам будет любопытно, как сделать такие яркие иллюстрации в бумагах и книгах всех без исключения профессий без умелого использования рисовальных инструментов.

Скачать, установить, настроить переменные среды

intall

Двойной клик msi File, а затем перейдите к следующему (запомните путь установки, путь по умолчанию — C: \ Program Files (x86) \ Graphviz2.38, информация о пути будет использоваться для настройки переменных среды позже), после завершения установки, в меню «Пуск» Windows будет создано сообщение с ярлыком. Ярлык по умолчанию не размещается на рабочем столе. Чтобы

Настроить переменные среды

Добавьте папку bin в каталоге установки graphviz в переменную среды Path:

проверка

Войдите в интерфейс командной строки Windows, введите dot -version , А затем нажмите Enter.Если отображается соответствующая информация о версии graphviz, установка и настройка выполнены успешно.

Используйте команду в окне cmd, чтобы преобразовать точечный файл в графический файл pdf.

Вам нужно ввести преобразованный путь к файлу, иначе вы не знаете, куда идти.

dot -Tpdf D:\mycodes\pythonStudy\python\allDecisionTree.dot -o D:\mycodes\pythonStudy\python\allDecisionTree.pdf

Начало работы с основным рисунком

Откройте редактор graphviz под окнами gvedit , Напишите следующий язык сценариев с точкой и сохраните его как текстовый файл в формате gv. Затем войдите в интерфейс командной строки и используйте команду с точкой, чтобы преобразовать файл gv в графический файл png.

dot D:\test\1.gv -Tpng -o image.png

graph

использование графика — Опишите отношения

graph pic1 < a -- b a -- b b -- a [color=blue] >

digraph

использовать -> Опишите отношения

digraph pic2 < a ->b a -> b b -> a [style=filled color=blue] >

Сложный пример

digraph startgame < label=«Процесс обновления игровых ресурсов» rankdir="TB" start[label=Форма "Начать игру" = стиль круга = заливка] ifwifi[label=«Сетевая среда для определения наличия Wi-Fi» shape = ромб] needupdate[label=«Есть ли ресурсы, которые нужно обновить» shape = diamond] startslientdl[label="Тихая загрузка" shape = box] enterhall[label="Войдите в игровое лобби" shape = box] enterroom[label="Войдите в комнату" shape = box] resourceuptodate[label="Ресурс неполный" shape = ромб] startplay[label=Форма "Обычная игра" = круг fillcolor = синий] warning[label=«Напомнить игроку, нужно ли обновлять» shape = diamond] startdl[label="Войдите в интерфейс загрузки" shape = box] //  start -> ifwifi ifwifi->needupdate[label="Да"] ifwifi->enterhall[label="нет"] needupdate->startslientdl[label="Да"] startslientdl->enterhall needupdate->enterhall[label="нет"] enterhall -> enterroom enterroom -> resourceuptodate resourceuptodate -> warning[label="Да"] resourceuptodate -> startplay[label="нет"] warning -> startdl[label=«Подтвердить загрузку»] warning -> enterhall[label="Отменить загрузку"] startdl -> enterhall[label=«Отменить загрузку»] startdl -> startplay[label=«Загрузка завершена»] >

Взаимодействовать с python

Мощный и удобный метод Graphviz для рисования диаграмм / блок-схем позволяет нам легко думать о машинном обучении. Decision Tree Метод отображения. К счастью, scikit-learn предоставляет .dot Файловый интерфейс, конкретные операции следующие:

вpythonВ среде редактирования:

from sklearn.tree import export_graphviz # Импортируется функция # tree означает, что модель обучена, то есть был вызван метод fit (X_train, y_train) экземпляра DecisionTreeClassifier export_graphviz(tree, out_file='tree.dot', feature_names=['petal length', 'petal width'])

Войдите в интерфейс командной строки Windows, переключитесь на cd tree.dot Путь, выполнить

dot -Tpng tree.dot -o tree.png

graphviz 0.20.1

This package facilitates the creation and rendering of graph descriptions in the DOT language of the Graphviz graph drawing software (upstream repo) from Python.

Create a graph object, assemble the graph by adding nodes and edges, and retrieve its DOT source code string. Save the source code to a file and render it with the Graphviz installation of your system.

Use the view option/method to directly inspect the resulting (PDF, PNG, SVG, etc.) file with its default application. Graphs can also be rendered and displayed within Jupyter notebooks (formerly known as IPython notebooks, example, nbviewer) as well as the Jupyter QtConsole.

Installation

This package runs under Python 3.7+, use pip to install:

$ pip install graphviz

Make sure that the directory containing the dot executable is on your systems’ PATH (sometimes done by the installer; setting PATH on Linux, Mac, and Windows).

Quickstart

Create a graph object:

Add nodes and edges:

Check the generated source code:

Save and render the source code:

Save and render and view the result:

Caveat: Backslash-escapes and strings of the form have a special meaning in the DOT language. If you need to render arbitrary strings (e.g. from user input), check the details in the user guide.

License

This package is distributed under the MIT license.

Development

Development documentation: https://graphviz.readthedocs.io/en/latest/development.html
Release process: https://graphviz.readthedocs.io/en/latest/release_process.html

Моя Россыпь

1. Просмотр доступных пакетов graphviz
# yum list available ‘graphviz*’

2. Установка всех пакетов graphviz
# yum install ‘graphviz*’

3. Проверка работы системы graphviz
Создаем файл temp.dot
# touch temp.dot
Помещаем в файл следующее:
digraph G <
Один->Два->Три->Четыре->Пять->Шесть->Десять;
Три->Десять;
Четыре->Десять;
>
Конвертируем данные в граф с представлением в png
# dot -Tpng temp.dot -o temp.png
После ключа T указываем тип выходного файла
Получим файл png с изображением:

4. Установка связки php с GraphViz
# yum install php-pear-Image-GraphViz
# service httpd restart

5. Создадим файл network.php с содержимым
require_once ‘Image/GraphViz.php’;

$gv = new Image_GraphViz();
$gv->addEdge(array(‘wake up’ => ‘visit bathroom’));
$gv->addEdge(array(‘visit bathroom’ => ‘make coffee’));
$gv->image();
?>
При просмотре этого файла в браузере получим изображение

LinuxShare

strict warning: Only variables should be passed by reference in /var/www/victor/web/linuxshare.ru/data/modules/book/book.module on line 559.

Введение в GraphViz

Однажды, собираясь писать документацию — я задумался. Проект, который я собирался документировать, динамически развивался и было очевидно, что все схемы, которые я буду рисовать ещё не раз придётся дополнять и перерисовывать. «Вот бы было что-то типа Wiki, но с возможностью также легко рисовать схемы» — подумал тогда я. «Но неужели до меня никто не додумался до столь простой мысли и не сделал столь полезного изобретения?» — меня посетили сомнения. «Не может быть!» Я отправился в поисковые системы, где во множестве предлагались различные платные графические редакторы, позволяющие рисовать прямо в браузере. Но тут мой взгляд зацепился за знакомое название GraphViz! Вспомнив, что я уже не раз слышал об этом продукте, а также не раз видел его в составе моего дистрибутива, я решил познакомится поближе и неожиданно увлёкся.

Автор статьи: Виктор Вислобоков
Размещается под лицензией: CC-BY-NC-ND

Установка

Установка до безобразия проста. GraphViz входит в состав практически всех извесных мне дистрибутивов, ориентированных на пользователя. Так что всё что остаётся, например, людям использующим Fedora, CentOS и прочие rpm-дистрибутивы с yum, это выполнить команду:

yum install graphviz

Также в дистрибутивах есть пакеты, позволяющие использовать GraphViz со многими языками прогаммирования: Perl, Python, PHP, Tcl/TK и и.д. Возможно после ознакомления с GraphViz вы захотите поставить и использовать также и эти пакеты.

Первое использование

Использовать GraphViz очень просто. Как всегда всё в стиле Unix-way, т.е. через командную строку. Вы делаете файл, в котором, на некоем мета-языке содержится описание требуемого вам графа, а затем запускаете утилиту из комплекта GraphViz, которая из этого файла делает другой файл, хранящий в себе уже сам отрисованный граф.

Простейший пример. Сделаем файл example1.gv вида:

digraph HelloWorld < "Hello" ->"World"; >

и получим из него картинку в формате PNG:

dot -Tpng example1.gv -oexample1.png

Думаю, теперь вы уже можете без труда составить простейшие вертикальные графы.

Разумеется, отрисованный граф можно получать не только в виде PNG-картинки. Это может быть и SVG-графика, встраиваемая в веб-страницу, и PDF, и PostScript, VML и т.д. и т.д.

Разумеется, GraphViz может много больше, чем просто отрисовка столь примитивного графа, который был продемонстрирован в предыдущем разделе. Возможностей очень много и их полное описание выходит за пределы данной статьи. Если вы очень любите изучать всё с начала и до конца, то я рекомендую посетить официацльный сайт на предмет чтения официальной документации: http://www.graphviz.org. Я же рассмотрю лишь некоторые полезные возможности, которые помогут вам начать рисовать достаточно продвинутые графы и схемы.

Немного теории

Хотя с помощью GraphViz можно рисовать схемы, которые лишь отдалённо напоминают графы, всё же GraphViz — это именно средство для отрисовки графов! Поэтому не ждите от неё возможностей Visio или чего-то подобного, у этого продукта (как впрочем и любого другого) есть свои ограничения и недостатки, о чём будет сказано ниже. И вот вам кстати ссылка на Галерею графов, где вы можете посмотреть, что можно получить с помощью GraphViz.

Прежде чем пойти дальше, я введу некоторые термины, которыми мы будем оперировать. Они пригодятся ниже, когда я буду давать пояснения, а также если вы вдруг всё же начнёте изучать полную документацию. Итак:

node — Узел графа. Обычно представляет из себя какую-либо фигуру из библиотеки встроенных фигур.
edge — Переводится как «край», но в GraphViz имеет совсем другое значение. Обычно это стрелка, соединяющая node (узлы графа)
subgraph — Подграф, который включается в основной граф. Самостоятельная область графа, которая может включать в себя другие узлы и которая затем самостоятельно отрисовывается в графе
cluster — Или «кластер». Это разновидность подграфа, которая может иметь метку и выделенную область, выделяемую цветом.
атрибут — Именованный параметр, который может изменять оформление или поведение графа, подграфа, node или edge. Атрибутов великое множество и подробное описание к ним можно найти на официальном сайте, ссылку на который я уже приводил.

Имена узлов

GraphViz по умолчанию заточен на использование UTF-8 и вы можете преспокойно использовать русские буквы в названии узлов графа. Единственное, что необходимо помнить, что лучше заключайте любые имена в двойные кавычки, хотя GraphViz и позволяет использовать имена из одного слова, не содержащие разделительных знаков без кавычек. Т.е. вы можете использовать следующие имена узлов:

node1 Понедельник "Новый год" "self-made"

Обратите внимание, в двух последних случаях использование двойных кавычек обязательно, потому что в имени «Новый год» два слова, разделённые через пробел, а имя «self-made» содержит служебный символ «-«. В общем мой совет — используйте кавычки всегда и не ошибётесь, а напротив избежите досадных ошибок, связанных с невнимательностью.

В любом месте файла вы можете использовать комментарии также как в языке C++, т.е. либо вот так:

/* это комментарий в несколько строк */

либо вот так:

// это комментарий до конца строки

Умолчания

Если вы используете набор однотипных фигур и стрелок, но не тот, который установлен по умолчанию, гораздо удобней будет выставить вначале необходимые умолчания, которые будут действовать для всего графа. Например умолчание:

node [shape="box"] edge [dir="both"]

приведёт к тому, что вместо эллипсов, внешний вид узлов примет вид прямоугольников, а все стрелки будут иметь два кончика, указывающие в обоих направлениях.

Примеры

Чтобы не описывать каждый раз подробно один из атрибутов, я просто приведу здесь несколько примеров, комбинируя которые вы и сможете в большинстве случаев получить то, что вам нужно. Примеры, я привожу исходя из того, что когда-то искал сам, так что надеюсь, что вы тоже оцените их полезность

Пример 1. Предположим вы хотите составить себе план действий на неделю, потому что периодически, что-либо вылетает из головы. Например, во вторник и субботу вы моете свой автомобиль, а по понедельникам, четвергам и субботам у вас тренировка в спортзале. А в среду, пятницу и понедельник вам нужно зайти в магазин за продуктами. А в четверг вам ещё нужно побывать в паспортном столе, чтобы забрать документы, а если они ещё будут не готовы, то подождать их сидя в кафе неподалёку. Теперь, сразу решаем, что внешний вид узлов графа должен быть круги вместо эллипсов, которые залиты синим цветом, а надписи в них будут белые. Поскольку документы — это наиболее важное в нашем плане, то мы используем красный цвет. А стрелки мы хотим, чтобы были не сплошные, а пунктирные. Да и граф нужно ориентировать не по вертикали, а по горизонтали, потому что так нам наглядней. В итоге получаем:

digraph MyPlan < node [shape="circle", style="filled", fillcolor="blue", fontcolor="#FFFFFF", margin="0.01"]; edge [style="dashed"]; rankdir="LR"; "Документы" [fillcolor="red"]; "Понедельник"->"Тренировка"->"Продукты"; "Вторник"->"Мойка авто"; "Среда"->"Продукты"; "Четверг"->"Документы"->"Тренировка"; "Документы"->"Кафе"->"Документы"; "Пятница"->"Продукты"; "Суббота"->"Мойка авто"->"Тренировка"; "Воскресенье"; >

И картинку:

Уместно дать некоторые пояснения. Как видите, цвет можно задавать не только его названием, но и 16-ричным кодом, как в HTML (#RRGGBB). Единожды появившееся описание узла, используется повсеместно, не вызывая конфликтов. Несвязанные узлы, например «Воскресенье» так и остаются в графе без стрелочек. Атрибут margin=»0.01″ используется, чтобы уменьшить отступ внутри кругов, иначе они будут больше, что не всегда удобно. Атрибут rankdir=»LR» меняет направление графа с «TB» (сверху вниз), на «LR» (слева направо).

Посмотрев на граф, вы видите, что он получился не таким уж и удобным. Дни недели разбросаны по всему графу, ориентироваться в нём неудобно. Может быть попробовать всё же изобразить его вертикально?

Пример 2. Давайте попробуем изобразить ранее изученный пример вертикально. Ну а чтобы было интересней, заключим дни недели в кластер, выделим его цветом и добавим метку. А вместо кругов в качестве фигур для дней недели будем использовать прямоугольники, залитые зелёным цветом. А шрифт у названий дней недели сделаем чёрного цвета и помельче. Заодно ещё и добавим в воскресенье сперва поход в театр, а затем в кафе:

digraph MyPlan < node [shape="circle", style="filled", fillcolor="blue", fontcolor="#FFFFFF", margin="0.01"]; edge [style="dashed"]; "Документы" [fillcolor="red"]; subgraph cluster_week < node [shape="box", style="filled", fillcolor="green", fontcolor="black", fontsize="9"]; label = "Дни недели"; "Понедельник"; "Вторник"; "Среда"; "Четверг"; "Пятница"; "Суббота"; "Воскресенье"; >"Понедельник"->"Тренировка"->"Продукты"; "Вторник"->"Мойка авто"; "Среда"->"Продукты"; "Четверг"->"Документы"->"Тренировка"; "Документы"->"Кафе"->"Документы"; "Пятница"->"Продукты"; "Суббота"->"Мойка авто"->"Тренировка"; "Воскресенье"->"Театр"->"Кафе"; >

и картика:

Думаю, вы уже поняли, почему дни недели вверху выстроены не по порядку. Если нет, то присмотритесь внимательней — GraphViz распределил на графе узлы так, чтобы обеспечить наименьшее пересечение стрелок друг с другом. Пересечение стрелок может запутать, поэтому GraphViz оптимизирует свою работу при построении графа именно так.

Ещё обратите внимание, чтобы была возможность сделать рамочку и подпись к кластеру, имя у подграфа должно начинаться с «cluster» и никак иначе

Пример 3. Теперь давайте возьмём так сказать один день из жизни и сделаем из него блок-схему алгоритма. Пусть это будет четверг. Делаем практически то, что уже пробовали, лишь добавляем к стрелочкам, соединяющим узлы подписи «Да» и «Нет»:

digraph MyPlan < node [shape="rectangle"]; "Начало" [shape="ellipse"] "Конец" [shape="ellipse"] "Если готовы документы" [shape="diamond"] "Начало"->"Четверг"->"Если готовы документы"->"Тренировка"[label="Да"] "Тренировка"->"Конец"; "Если готовы документы"->"Кафе"[label="Нет"] "Кафе"->"Если готовы документы"; >

получаем картинку:

И. разочаровано на неё смотрим! Коряво получилось. «Кафе» должно быть сбоку от условия «Если готовы документы», а у нас оно внизу, а стрелка к «Кафе» и обратно к «Если готовы документы» идёт совсем не по стандарту. Если изменить уровнь у «Кафе» ещё можно, использовав распределение узлов по уровням, то со стрелками уже ничего поделать нельзя. Вот вам и первый недостаток GraphViz — он не ориентирован на создание прямолинейных блок-схем алгоритмов.

Пример 4. Давайте теперь ознакомимся с возможностью GraphViz распределять узлы графа по определённым уровням высоты. Реализована эта возможность, через создание в качестве некой «линейки уровней» ещё одного невидимого графа в стороне от основного и закрепление узлов нашего графа на том же уровне, что узлов линейки. Итак, снова берём наш план и меняем его вот так:

digraph MyPlan < node [shape="circle", style="filled", fillcolor="blue", fontcolor="#FFFFFF", margin="0.01"]; edge [style="dashed"]; < node [shape="plaintext",style="invisible"]; edge [color="white"]; "1" ->"2" -> "3" -> "4" -> "5" -> "6" -> "7"; > subgraph week < node [shape="box", style="filled", fillcolor="green", fontcolor="black", fontsize="9"]; label = "Дни недели"; "Понедельник"; "Вторник"; "Среда"; "Четверг"; "Пятница"; "Суббота"; "Воскресенье"; < rank="same"; "1"; "Понедельник"; > < rank="same"; "2"; "Вторник"; > < rank="same"; "3"; "Среда"; > < rank="same"; "4"; "Четверг"; > < rank="same"; "5"; "Пятница"; > < rank="same"; "6"; "Суббота"; > < rank="same"; "7"; "Воскресенье"; >> "Документы" [fillcolor="red"]; "Понедельник"->"Тренировка"->"Продукты"; "Вторник"->"Мойка авто"; "Среда"->"Продукты"; "Четверг"->"Документы"->"Тренировка"; "Документы"->"Кафе"->"Документы"; "Пятница"->"Продукты"; "Суббота"->"Мойка авто"->"Тренировка"; "Воскресенье"; >

В итоге получим вот такую смешную картинку:

Обратите внимание, у узлов линейнки, установлен атрибут:

style="invisible";

который запрещает отрисовывать эти узлы, хотя и OpenViz резервирует место под них, а атрибут

color="white"

у стрелок, приводит к тому, что они отрисовываются, но белым цветом, таким же как цвет фона, поэтому их не видно!

Как вы можете видеть, теперь дни недели упорядочены по высоте, но к сожалению не находятся друг под другом. И увы, мне неизвесно способа как их можно заставить выстроится именно так! Конструкция:

говорит, что узлы «2» и «Вторник» должны находится на одном уровне. Вы можете, например, добавить ещё какой-либо узел после «Вторник» также через «;» и этот узел также будет отрисован на этом же уровне.

Ещё один недостаток такого распределения по уровням становится ясен, когда начинаете работать с кластерами. Я пытался создать в кластере ещё один кластер и несколько узлов, распределив их по высоте, но сколь я не бился — у меня ничего не вышло. По неизвестной мне причине, уровни начинали вставать попарно друг с другом рядом. Если кто знает почему так и как это решить — напишите мне и моё «большое спасибо» вам обеспечено. Заодно дополню статью.

Пример 5. А что если хочется странного, например, чтобы название узла было в две строки? Это как раз довольно просто. А если вдруг хочется чтобы вторая строка имела другой цвет и размер шрифта? Вот это уже гораздо сложнее! А бывает вообще хочется некий прямоугольник, разбитый по секциям с разными надписями. Вот вам пример, реализующий всё вышесказанное:

digraph MyPlan < node [margin="0.01"]; "box1" [shape="box", label="Надпись в\nдве строки"]; "box2" [shape="box", style="filled", fillcolor="lightcyan2", label=вторая строка другим шрифтом и цветом>]; "box3" [shape="record", label = "Слева|Справа"]; "box4" [shape="record", label = "<Сверху|Снизу>"]; "box5" [shape="record", label = "Слева|<Сверху|Центр|Снизу>|Справа"]; "box1" -> "box2"; "box3" -> "box4" -> box5; >

И картинка:

Как видите, если «box1» и «box2» используют тип узла «box» и HTML-форматирование, то «box3», «box4» и «box5» используют специальный тип узла: «record». К сожалению у «record» есть недостаток — расположение меток зависит от направленности графа, т.е. если бы у этого графа атрибут «rankdir» был выставлен в «LR» а не как по умолчанию в «TB», то метки «слева» и «справа» стали бы отрисоваться не слева и справа, а сверху и снизу и наоборот метки «снизу» и «сверху» стали бы отрисовываться вместо снизу и свеху, справа и слева. Это не очень-то удобно, если вы по каким-то причинам решить поменять направление роста графа.

Пример 6. Тем не менее, GraphViz неплохо подходит для отображения структуры баз данных и связей между таблицами. Приведём пример, заодно пользуясь случаем показать, что можно изменить внешний вид наконечников стрелок:

digraph MyPlan < node [margin="0.01"]; rankdir="LR"; "users_tbl" [shape="record", label ]; "perms_tbl" [shape="record", label ]; "access_tbl" [shape="record", label ]; "users_tbl":PK ->"access_tbl":FK1[dir="both",arrowtail="invdot",arrowhead="odot"]; "perms_tbl":PK -> "access_tbl":FK2[dir="both",arrowtail="invdot",arrowhead="odot"]; >

и картинка:

Заключение

В общем-то пожалуй и всё, что я хотел рассказать. Думаю, для решения множества задач — этих примеров достаточно.

Хочется заметить, что во всех примерах я использовал направленный граф и утилиту dot, однако GraphViz позволяет использовать и другие виды отрисовки графов, такие как «circo», «neato» и т.д. Так вот, чтобы попробовать отобразить свой граф в таком режиме, нужно вместо dot использовать соответствующую утилиту: circo, neato и т.д. Не все атрибуты, которые поддерживаются dot, поддерживаются другими способами отображения — нужно иметь это в виду.

Вложение	Размер
example1.png	6.59 kb
example2.png	58.5 kb
example3.png	178.01 kb
example4.png	24.35 kb
example5.png	96.85 kb
example6.png	16.59 kb
example7.png	13.96 kb

Войдите чтобы добавлять комментарии
прочитано 45042 раза